Bộ môn Công nghệ thực phẩm đã thiết lập mối quan hệ hợp tác với các viện/trường đại học trong và ngoài nước. Các chương trình hợp tác quốc tế tiêu biểu: VLIR (Bỉ), IFS (Thụy Điển), JICA, JIRCAS (Nhật Bản), FWO... Hợp tác nghiên cứu với các trường đại học nước ngoài và trao đổi học viên, sinh viên như Đại học Kyushu, Đại học Osaka (Nhật Bản), Đại học Ghent, ĐH Leuven (Bỉ)... Đồng thời Bộ môn còn hợp tác với các doanh nghiệp trong và ngoài nước như Công ty Ajinomoto, Công ty Cỏ May, Công ty Bia SG_CT, Công ty Pataya ... Qua các mối quan hệ hợp tác này đã giúp công chức viên chức của Bộ môn nâng cao trình độ, năng lực nghiên cứu; giúp cải thiện cơ sở vật chất và tài trợ kinh phí cho nghiên cứu khoa học.
