Bộ môn Công nghệ Vi sinh vật phụ trách đào tạo bậc đại học ngành Công nghệ Sinh học, thạc sĩ và tiến sĩ chuyên ngành Vi sinh vật học. Các học phần do Bộ môn phụ trách có liên quan đến vi sinh vật từ các học phần đại cương, cơ sở ngành đến chuyên ngành không chỉ của ngành Công nghệ Sinh học mà còn trực tiếp tham gia trong chương trình đào tạo của ngành Công nghệ sinh học (Chương trình tiên tiến), Vi sinh vật học, Công nghệ thực phẩm, Công nghệ sau thu hoạch, Sinh học, Sinh học ứng dụng,…

Hiện nay, Bộ môn gồm 5 phòng thí nghiệm (bao gồm 9 phòng nghiên cứu) với 11 giảng viên, 1 kỹ sư và 4 nghiên cứu viên. Đội ngũ giảng viên gồm 2 Phó Giáo sư, 7 Tiến sĩ và 2 Thạc sĩ (hiện đang là nghiên cứu sinh tại Việt Nam và Bỉ).